حين بويع الحاكم بالخلافة كان له من العمر 11 سنة. فتولى الوصاية عليه مربيه وأستاذه برجوان الخادم، وبعد أن أتم الخامسة عشرة من عمره استقل بالحكم، وقتل برجوان، لأنه كان يضايقه ويسيء معاملته حين الوصاية عليه.
اصدر الحاكم عام 395هـ أمرا بنقش سب الصحابة على جدران المساجد وفي الأسواق والشوارع والدروب وصدرت الأوامر إلى العمال في البلاد المصرية بمراعاة ذلك . كما ظهرت في عهده طائفة الدروز القائلين بألوهيته . مات مقتولاً سنة 411 في ظروف غامضة ، وقد اختلفت الروايات حول من قتله وكيفية قتله ، وإن كانت القرائن تدين أخته الأميرة ست الملك بالاشتراك مع شيخ قبيلة كتامة المغربية واسمه الحسين بن دواس . التاريخ العباسي والفاطمي ص 292.
وقد دفعها إلى تدبير اغتياله أمران :
1- أنها لما رأت أعمال الحاكم الشنيعة ، خافت أن يخرب بيت الخلافة الفاطيمة على يديه ، فقد كرهته قبيلة كتامة صاحبة الفضل الأكبر في قيام الدولة الفاطمية في المغرب ، والتي كانت لها مكانة عالية في مصر بعد فتحها ، بسبب إعدامه لكثير من وجهائها ، وحده من نفوذها ، كما كرهه أهل مصر لتصرفاته الشاذة ، وكرهه الجند أيضاً بسبب تصرفاته مع قوادهم ، ومعهم أنفسهم .
2- أنها خافت على نفسها من بطشه ، إذ اتهمها بسوء سلوكلها مع الرجال ، وما أيسر أن ينفذ وعيده لها ، ولهذا آثرت أن تقضي عليه قبل أن يقضي عليها . د. عبد الرحمن بدوي : مذاهب الإسلامين 6/10
وتؤكد الرويات التاريخية هذين الأمرين ، ومما أورده المؤرخون ما نقله ابن تغري بردي في النجوم الزاهرة عن ابن الصابئ : " أن الحالكم لما بدت عنه هذه الأمور الشنيعة استوحش الناس منه ، وكان له أخت يقال لها ست الملك ، من أعقل النساء وأحزمهن ، فكانت تنهاه وتقول : يا أخي ، اخذر أن يكون خراب هذا البيت على يديك . فكان يسمعها غليظ الكلام ويتهددها بالقتل ، وبعث إليها يقول : رفع إليّ أصحاب الأخبار أنك تدخلين الرجال إليك وتمكنينهم من نفسك ، وعمل على إتفاذ القوابل لاستبرائها ، فعلمت أنها هالكة " . ابن تغري بردي : النجوم الزاهرة في ملوك مصر والقاهرة 4/186